Japón es sumido en el caos cuando un monstruo del tamaño de un rascacielos emerge de las profundidades de la Bahía de Tokio y arrasa con la ciudad de Tokio.

Un monstruo marino prehistórico, que ha permanecido décadas aletargado después de que la humanidad tratara de destruirlo, se enfrenta a malvadas criaturas que, animadas por la arrogancia científica del hombre, amenazan la vida de la raza humana.

Nos encontramos en el siglo XVII, en el Japón feudal. Kai es un paria que se une al líder de los 47 Ronin, 47 guerreros sin amo que tuvieron que convertirse en outsiders después de que su señor fuera obligado a cometer sepukku (suicidio al estilo samurái), Oishi. Juntos lucharán por vengarse del traidor que mató a su señor y les condenó al destierro. Para restablecer el honor a su tierra natal, los guerreros se lanzan a una búsqueda plagada de duras pruebas capaces de destruir a cualquiera.

En 2004, Mechagodzilla está siendo sometido a modificaciones de reparación después de su batalla con Godzilla un año antes. El Primer Ministro Hayato Igarashi acepta la elección del científico principal Yoshito Chujo de reemplazar el Cañón Cero Absoluto por un poderoso Tri-Maser.

Años después de un ataque inicial a Tokio en 1954, Godzilla queda atrapado bajo el hielo en la Antártida después de una batalla con el Atragon original. En años posteriores, desastres ambientales causan la aparición de monstruos gigantes y superhumanos, llamados "mutantes", que luego son reclutados en la Fuerza de Defensa de la Tierra (EDF) para luchar contra los monstruos. Un Gotengo mejorado, comandado por el Capitán Douglas Gordon, lucha y destruye a Manda (kaiju), pero la nave queda destrozada en el proceso y su capitán es suspendido de la EDF.

Durante una reunión de las Fuerzas de Autodefensa de Japón (JSDF) para el posible regreso de Godzilla, el almirante Taizo Tachibana informa a los cadetes sobre el primer ataque de Godzilla. Se informa de la desaparición de un submarino nuclear, que más tarde se descubre que fue destruido por Godzilla. La hija de Tachibana, Yuri Tachibana, filma un docudrama con su equipo para BS Digital Q en el monte Myoko, donde ocurre un terremoto misterioso de forma aleatoria. El extraño terremoto vuelve más tarde esa noche, enterrando a una pandilla de motociclistas y dejando a un camionero sobreviviente que presencia al monstruo Baragon.